Zu einem überaus großen Teil des Geschmackes ( 60-80%) kann die richtige Fasslagerung beitragen. Hierbei gilt: je länger die Fassreifung, desto mehr Geschmacksstoffe kann der Whisky aus dem Holz der Fasswände aufnehmen.
Dabei entzieht der Alkohol des Rohwhiskys dem Holz eine Fülle an Geschmacksstoffen, wodurch sich die Fasswände kontinuierlich auflösen. Abhängig vom Alkoholgehalt können sich pro Jahr die Fassdauben um bis zu 0,1cm reduzieren. Da bei zunehmender Lagerzeit die Alkoholstärke des Rohwhiskys abnimmt, verringert sich dieser Effekt mit der Zeit.
In Schottland darf per Gesetzt Whisky lediglich in gebrauchten Fässern gelagert werden. In den USA dagegen nur in neuen Fässern (Bourbon-Fass). Die meisten in Schottland genützten Fässer kommen daher aus den USA. Bourbon-Fässer verleihen dem schottischen Whisky den charakteristischen Vanillegeschmack. Neben den Bourbon-Fässern werden auch gebrauchte Sherry-,Rum-, Rotwein- und Portweinfässer genutzt. Diese Fässer geben dem Whisky, je nach vorheriger Verwendung, eine besondere Geschmacksnote. Es soll auch schon Whisky in gebrauchten Heringsfässern gelagert haben.
Das Holz der meisten Whiskyfässer stammt aus amerikanischer Weißeiche (Bourbon-Fass) oder europäischer Eiche. Um dem Whisky besondere Geschmacksnoten zu verleihen, werden diese oftmals durch die Lagerung in Zweitfässern „gefinished„. Hierfür werden häufig ehemalige Sherry-, Rum- oder Portweinfässer verwendet.